La Universidad de San José, se fundó en 1990, fundamentada en principios de libertad y autonomía como resultado de la escisión, en aquel momento, del colegio afiliado más importante: la Universidad Autónoma de Centroamérica (UACA), el colegio académico (1976); con una visión más abierta y de mayor proyección a nivel nacional, consolidando, a la vez, su autonomía jurídica, administrativa y financiera.

En Setiembre de 1992, se obtuvo la autorización del Estado costarricense, para operar como una universidad acreditada y autorizada para impartir educación superior en distintas carreras universitarias. Dicha autorización, fue otorgada, según la sesión 203-92 del 17 de Setiembre del mismo año, por el Consejo Nacional de Educación Superior Privada (CONESUP), (Ley 6693); órgano rector del Sistema de Educación  Superior Privada, adscrito al Ministerio de Educación Pública de Costa Rica.

Dicha institución, se convirtió en un institución caracterizada, esencialmente, por su proyección en distintas zonas rurales del país, a partir de los programas elaborados en sus distintas facultades: ciencias empresariales, ciencias de la educación, ciencias jurídicas, acuicultura e ingenierías, tecnología de alimentos, ciencias de la salud: nutrición, ciencias de la informática y los distintos postgrados.
Fundó su primera sede universitaria en Liberia (1995), provincia de Guanacaste. A partir de 1995, inició su expansión nacional con sede pequeña en San Carlos, Liberia, Nicoya, San Ramón, Guápiles, Alajuela y en aulas desconcentradas tales como en Pocosol y Aguas Zarcas de San Carlos.

En la actualidad, la Sede Central de la Universidad de San José, tiene su asiento en Ciudad Quesada, propiamente en la Sede de San Carlos (2008), como complemento de un proceso de liderazgo efectivo, iniciado hace varios años, denominado: la consolidación y los nuevos caminos, dentro de la vida institucional universitaria.

La Rectoría, la cual realiza la actividad política estratégica, así como algunas actividades administrativas y académicas de la institución, tiene su asiento en San José, capital de la República de Costa Rica.

Otro elemento definitorio de la Universidad de San José, en sus inicios, fue su clara intención por brindar al estudiantado y a la sociedad costarricense, carreras consideradas como no tradicionales, tales como: las facultades de Nutrición, Tecnología de Alimentos y Acuicultura; sin descuidar carreras históricas, como Derecho, Educación y Administración de Negocios, a partir de la herencia del proceso educativo producido dentro de las instalaciones del colegio académico.